August 1939
Die „EMDEN" war als Schulkreuzer der B.J. unterstellt; sie wurde in die Kampffront in der Nordsee eingereiht und war an der Legung einer Minensperre in der Nordsee zusammen mit dem Aviso ,,GRILLE" und mehreren Torpedobooten beteiligt. Auf der Jade von der Unternehmung zurück 3. 9. 1939.

4. September 1939
Angriff brit. Flugzeuge auf Wilhelmshaven. Die „EMDEN" schoß ein Flugzeug ab, das jedoch seitlich auf das Vorschiff des Kreuzers aufschlug und abgesehen von Sachschäden Personalverluste kostete. Es waren dies die ersten Gefallenen der Kriegsmarine im Zweiten Weltkriege.

Oktober 1939 - März 1940
wurde der Kreuzer wieder zu Ausbildungszwecken verwandt.

6. April 1940
Die „EMDEN" nahm zur Unternehmung „Weserübung" in Swinemünde Heerestruppen an Bord.

7. April 1940
Sammeln der Kriegsschiffgruppe 5 in der Kieler Bucht.

8. April 1940
Gruppe 5 auf dem Marsch nach Oslo. Untergang der „BLÜCHER" in der Dröbakenge. Ausschiffen der Heerestruppen. Die „EMDEN" erreichte Oslo am 10. 4.1940 unbeschädigt. Während die „LÜTZOW" noch am gleichen Tage zurücklief, blieb die „EMDEN" zunächst in Oslo. Die Funkstation des Kreuzers bildete die Nachrichtenzentrale für alle drei Wehrmachtteile. Der Kommandant organisierte die Aufstellung eines Sicherungsverbandes im Oslofjord.

Sommer 1940
Die „EMDEN" wurde aus Oslo in die Heimat nach Goten­hafen entlassen und diente dort wieder Schulzwecken.

September 1941
Zugehörig zur Balten-Flotte. Zusammen mit dem leichten Kreuzer „KÖLN" beschoß die ,EMDEN" russische Küstenbatterien bei Kap Ristna auf Osel.

November 1941
Mit Aufstellung des Ausbildungsverbandes der Flotte gehörte die „EMDEN" diesem Verbande an.

Juni-November 1942
Zur Grundüberholung verlegte die „EMDEN" zur Werft Wilhelmshaven. Beim Auslaufen zur Rückverlegung nach Gotenhafen am 7. 11. 1942 benutzte der Kreuzer als erstes Schiff die Ostkammer der IV. Einfahrt. An Bord befand sich der Ob.d.M., Großadmiral Raeder (letzter Besuch des Groß­admirals auf einem Kriegsschiff). Die grundüberholte „EMDEN" konnte bei einer Meilenfahrt vor Neukrug bei Pillau noch eine Geschwindigkeit von 26,9 Kn. erzielen.

Ende 1944
Minenunternehmungen im Skagerrak.

Jahreswechsel 1944/1945
Grundüberholung des Schiffes bei der Schichauwerft in Königsberg. Die Russen griffen Königsberg an, und die Werftarbeiter wurden, obgleich die „EMDEN" noch fahrunklar war, zum Volkssturm abgezogen.

23. Januar 1945
Befehl des OKM: „Sofort klarmachen zum Auslaufen." Soweit möglich und erreichbar, wurden alle ausgebauten Teile des Schiffes an Bord genommen. Eisbrecher schleppten die „EMDEN" nach Pillau, wo eine Maschine fahrklar gemacht wurde.

Februar 1945
Von Pillau aus erreichte die „EMDEN" in sechstägiger langsamer Fahrt am 6.2. 1945 Kiel. An Bord des Schiffes befanden sich rund 1000 Flüchtlinge Außerdem waren an Bord die Sarkophage des Generalfeldmarschalls v. Hindenburg und seiner Gemahlin. Die Ülberführung leitete Generalmajor Oskar v. Hindenburg.

Februar -April 1945
wurden die Überholungsarbeiten an dem Kreuzer bei den Deutschen Werken in Kiel fortgesetzt.

April 1945
Bei einem Luftangriff auf Kiel wurde die „EMDEN" schwer beschädigt. Das Schiff war nicht mehr schwimmfähig und mußte in der Heikendorfer Bucht auf Strand gesetzt werden.

26. April 1945
außer Dienst gestellt.

3. Mai 1945
Durch Sprengungen vollkommen zerstört. Das Wrack wurde nach Kriegsende abgebrochen und verschrottet.