September 1939
Vor Kriegsausbruch gehörte die „KÖLN" mit „NÜRNBERG" und „LEIPZIG" zum B.d.A.-Verband. Zusammen mit der „NÜRNBERG" und der „KÖNIGSBERG" trat „KÖLN" mit Kriegsbeginn unter das Marinegruppenkommando Ost. Nach Beendigung des Polenfeldzuges traten die drei Kreuzer zum Marinegruppenkommando West und verlegten in die Nordsee.

8. Oktober 1939
Die „KÖLN" nahm an dem Flottenvorstoß unter Admiral Boehm mit „GNEISENAU" und 9 Zerstörern teil. Der Vorstoß ging bis in die Höhe von Utsire. Rückkehr des Verbandes durch Kattegat und Großen Belt. Eintreffen in Kiel 10. 10. 1939, 02.00 Uhr. Keine besonderen Vorkommnisse. Die brit. Admiralität hatte von diesem Vorstoß erfahren und in der Meinung, daß ein Durchbruch in den Atlantik geplant sei, die brit. Flotte auf Auffangstellung nördlich Bergen gelegt.

12.-13. Dezember 1939
In der Nacht vom 12. zum 13. Dezember 1939 bezog der B.d.A.-Verband mit „NÜRNBERG", „LEIPZIG" und „KÖLN" in der westlichen Nordsee Auffangstellung, während 5 Zerstörer ein Minenfeld vor Newcastle legten (6. offensive Minenunternehmung deutscher Zerstörer). „NÜRNBERG" und „LEIPZIG" erhielten am Morgen des 13. 12. 1939 Torpedotreffer. Die „KÖLN" blieb unbeschädigt und wurde nun bis Mai 1940 Flaggschiff des B.d.A.

April 1940
Zum Unternehmen „Weserübung" nahm „KÖLN" am 7. 4. 1940 in Wilhelmshaven Heerestruppen an Bord. „KÖLN" bildete mit ,KÖNIGSBERG", dem Artillerieschulschiff ,,BREMSE", den Torpedobooten „LEOPARD" und „WOLF" und der 1. Schnellbootsflottille die Gruppe 3, bestimmt für Bergen. Am 9. 4. 1940 wurde das befohlene Ziel erreicht. „KÖLN" blieb unbeschädigt. Noch am selben Tage liefen „KÖLN" und die Torpedoboote „LEOPARD" und „WOLF" wieder aus. Von der Elbe kommend lief der Zerstörer „RICHARD BEITZEN" dem Verband entgegen. 11. 4. 1940 Ankunft in Wilhelmshaven.

September - Oktober 1941
Unterstützung der Heerestruppen bei der Eroberung der Inseln Dagö und Osel. Hierbei kämpfte die ,KÖLN" die russischen Küstenbatterien bei Kap Ristna auf Osel nieder.

13. Juli 1942
„KÖLN" ab Oslo mit dem Ziel Nordnorwegen.

6. August 1942
An Narvik. KÖLN" trat zur Kampfgruppe und löste die „LUTZOW" ab.

10. September 1942
„ADMIRAL SCHEER", „ADMIRAL HIPPER" und „KÖLN" verlegten von Narvik zum Altafjord, um von dort das Geleit PQ 18 anzugreifen. Erfolgloser Angriffdes brit. Unterseebootes „TIGRIS" auf den deutschen Verband. Der deutsche Angriff auf den Geleitzug unterblieb auf Einspruch Hitlers.

Februar 1943
„ADMIRAL HIPPER" und „KÖLN" verlegten von Norwegen in die Ostsee, um dort außer Dienst gestellt zu werden.

März 1943 - März 1944
außer Dienst.

Januar 1944
Aufstellung des Besatzungsstammes „KÖLN".

März 1944
Der Kreuzer wurde im März 1944 von Kiel nach Königsberg geschleppt.

1. April 1944
„KÖLN" erneut in Dienst gestellt und dem Ausbildungsverband der Flotte zugeteilt mit der Aufgabe, Ing.-Kadetten auszubilden.

April 1944 - Juli 1944
Werftliegezeit und Neuausrüstung.

Juli - September 1944
Gefechtsausbildung und Übungen.

September 1944
Minenunternehmung in südnorw. Gewässern.

Oktober - November 1944
Geleitzugfahrten zwischen Südnorwegen und Dänemark.

Mitte November - Dezember 1944
Flaggschiff des F.d.Z.

13. Dezember 1944
Erhebliche Schäden durch einen Bombenangriff (Teile der E-Anlage und die Steuerbordmaschine fielen aus).

31. Dezember 1944 - 1. Januar 1945
Nachts weiterer Bombenangriff, der verschiedene Beschädigungen hervorrief.

Januar 1945
Da eine Reparatur in Oslo nicht möglich war, ging die „KÖLN" nach Wilhelmshaven zur Werft. Auf dem Marsch dorthin in Höhe der Insel Wangerooge wiederum ein Bombenangriff.

14. Januar 1945
Einlaufen in Wilhelmshaven.

31. März 1945
Von fünf schweren Bomben beim letzten Angriff engl. Bomber auf Wilhelmshaven getroffen sank die „KÖLN". Sie blieb auf ebenem Kiel im Hafen liegen. Die Türme waren einsatzbereit und auch nach der Außerdienststellung besetzt.

5. April 1945
Flagge und Wimpel niedergeholt.

April 1945
Unter Leitung des Festungskommandanten von Wilhelmshaven wurde die Artillerie der „KÖLN" in zwei Nächten gegen gegnerische Truppenansammlungen bei den Dörfern Neuenburg und Bockhorn eingesetzt.