Der BdK entstand am 01.08.1940 durch Umbenennung aus der Dienststelle des Befehlshabers der Aufklärungsstreitkräfte (BdA)
Am gleichen Tag wurden die ehemaligen Panzerschiffe als nunmehrige Schwere Kreuzer dem BdK unterstellt.
Die dem vorherigen BdA unterstellten Stellen des FdZ und FdT traten direkt unter das Flottenkommando.
Nach der Auflösung im Oktober 1941 wurde aus dieser Dienststelle de Stab des Admirals Nordmeer.

Durch Umbenennung des BdS wurde am 03.06.1942 erneut die Dienststelle des Befehlshabers der Kreuzer gebildet.
Sie bestand bis Februar 1943 und wurde anschließend in Befehlshaber der Kampfgruppe umbenannt.

Die Befehlshaber der Kreuzer

08.1940 - 10.1941

VAdm Schmundt

06.1942 - 02.1943

VAdm Kummetz