Die Nautische Abteilung unterstand bis zur Auflösung des Allgemeinen Marineamts dem B-Amt und wurde im November 1939 als Amtsgruppe dem Marinekommandoamt zugeteilt und im Mai 1941 als Skl H, später 6/Skl, direkt dem Chef des Stabes der Seekriegsleitung angegliedert. .